员工擅自离职造成损失，公司可按劳动合同约定要求赔偿。依据《工资支付暂行规定》，公司可扣除部分工资作为赔偿，但每月不得超过员工当月工资的20%。若不及时处理，可能导致公司权益受损，影响正常运营。
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员工擅自离职，处理如下：1. 立即联系员工，了解其离职原因，并要求其返回工作岗位或协商赔偿事宜。2. 若员工拒绝返回或协商无果，根据劳动合同中的约定，扣除其部分工资作为赔偿，确保每月扣除额不超工资20%。3. 若损失严重，协商和扣除工资无法弥补，可向法院提起诉讼，要求员工承担全部损失。
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员工擅自离职造成损失，常见处理方式包括要求赔偿、协商或诉讼。应先尝试与员工协商，协商不成可根据劳动合同约定提起诉讼，要求员工按约定赔偿损失。