首先，协议需明确房产归属及补偿方式。其次，根据《民法典》相关规定，此协议涉及财产分配，应具有法律效力，建议咨询律师确保协议合法有效。不及时处理可能导致家庭纠纷，影响亲情关系。法律依据：《民法典》中关于合同效力及民事法律行为的规定，强调协议的法律效力，确保协议内容合法合规，避免后续法律纠纷。
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以下是不同情况下的处理方式：1.如父母健在，可选择签订赠予协议，同时约定给大儿子的补偿方式及时间。2.如父母一方或双方已去世，需通过遗嘱处理房产分配，确保遗嘱合法有效。3.如家庭关系复杂，建议先沟通协商，再寻求专业律师协助起草协议。
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常见的处理方式有两种：一是撰写赠予协议，明确父母将房产赠予小儿子，同时约定大儿子应得补偿金额及支付方式；二是立遗嘱，明确房产最终归属及补偿安排。选择时考虑家庭实际情况及父母意愿，确保协议内容真实合法有效。